Činnost německé fakulty byla v květnu 1945 ukončena a tak do prostor ústavu U nemocnice 3 se přestěhoval český anatomický ústav. Řada vybavení byla zničena a ztracena. Prof. Borovanský vymohl poměrně rychlou opravu budovy a tak byl ústav schopen od června 1945 plného provozu. První poválečný nápor studentů byl zvládán přednáškami v sálu Lucerny a v cirkusovém stanu.

Prof. MUDr. et RNDr. Ladislav Borovanský, DrSc., (1. 4. 1897 - 4. 1. 1971), přednosta anatomického ústavu v letech 1937-1939 a 1945-1970. Promoval v roce 1922 na lékařské fakultě a v roce 1933 na přírodovědecké. Od roku 1922 pracoval ve Weignerově oddělení pro topografickou anatomii. V roce 1931 se habilitoval z normální anatomie. V roce 1937 byl jmenován mimořádným profesorem anatomie. Řádným profesorem byl jmenován v roce 1946. V roce 1946/47 byl děkanem fakulty. Obnovil výuku anatomie na lékařské fakultě a vychoval novou generaci anatomů, prakticky pro většinu morfologických institucí republiky.

V letech 1970 - 90 stál v čele ústavu prof. MUDr. Radomír Čihák, DrSc, od roku 1990 do roku 1992 pak prof. MUDr.Milan Doskočil, DrSc.

V letech 1992 až 1997 byl přednostou prof. MUDr. Pavel Petrovický, DrSc., od listopadu 1997 do roku 2011 byl přednostou Prof. MUDr. Miloš Grim, DrSc. V současnosti je přednostou prof. MUDr. Karel Smetana, DrSc.