František Josef du Toy byl prvním mimořádným (1746) a řádným (1750) profesorem jmenovaným pro obor anatomie (ordinarius anatomiae et physiologiae). Skončilo tak nevědecké a dobou již překonané střídání profesorů na jednotlivých oborech. Rok 1750 můžeme proto považovat za mezník, ve kterém byla konstituována samostatná stolice anatomie a zahájena éra oborové specializace. F. Toy byl pražský lékař, který již ve 40. letech osmnáctého století zahájil demonstrační pitvy, školil chirurgy a zdravotnický personál. Sám získal dobré anatomické a technické (preparační) znalosti Holandsku, odkud, také přivezl 21 anatomických preparátů, kterými založil první pražské anatomické muzeum. Pitval vc Theatrum anatomicum, umístěném v prostorech Karolina. Jeho agilnost a snaha o prosazení praktické výuky anatomie mu vynesla mnoho stoupenců i nepřátel. Znechucen závistí a intrikami kolegů, vzdal se v roce 1761 profesorského místa a působil dále jako praktický lékař.

Josef Tadeáš Klinkosch (1734-1778), profesor anatomie v Praze v letech 1761-1778. Zručný a prakticky zaměřený anatom. Kladl veliký důraz na praktickou výuku anatomie na preparátech a v pitevních cvičeních. je autorem několika studií o anatomii a chirurgii hernií přední stěny břišní.

Jiří Procháska, profesor anatomie a fysiologie ve Vídni a v Praze. Narodil se roku 1749 v Blížkovicích u Moravských Budějovic. Medicínu studoval v Praze a ve Vídni, kde roku 1776 promoval. V roce 1778 byl jmenován mimořádným profesorem anatomie ve Vídni a roku 1780 profesorem anatomické fysiologie a očního lékařství v Praze. V Praze založil anatomické a patologicko-anatomické muzeum. Roku 1791 odchází z Prahy do Vídně. V roce 1805 se vzdává profesury anatomie a věnuje se praxi očního lékaře. Publikoval řadu závažných prací z anatomie a fysiologie nervového, svalového a cévního systému. Patřil mezi přední fysiology své doby.

Po významném představiteli anatomie a fysiologie J. Procháskovi, který odešel roku 1791 do Vídně, zahájil vyučování anatomie J. Rottenberg. Vyučoval anatomii do roku 1794. zavedl pravidelná pitevní cvičení, která se stala integrální součástí výuky anatomie. Nic nepublikoval.

Nástupcem Rottenbergovým se stal J. A. Oechy, který vedl anatomii do roku 1808. Učil dobře - prakticky, a napsal jedny z prvních návodů k pitevním cvičením.

V roce 1809 přichází na anatomii jako profesor J. G. Ilg, který vedl anatomii až do roku 1834. Ilg byl významný anatom a zručný preparátor. V budově Karolína vymohl zřízení nového anatomického ústavu (1830) a výstavbu nové pitevny. Svými preparáty položil základy anatomického muzea, které dobudoval jeden z Ilgových nástupců, profesor. Hyrtl.

Publikoval práce věnované pitevní technice a stavbě sluchového aparátu. Mezi žáky prof. Ilga patřil V. Bochdalek a J. E. Purkyně.

Vincenc Alexandr Bochdalek se narodil ve Skřípově u Opavy 11. února 1801 a zemřel 3. února 1883 v Litoměřicích. Roku 1833 promoval v Praze. Věnoval se anatomii a patologické anatomii. Významně obohatil svými preparáty museum anatomického ústavu. Za jeho působení se začala přednášet histologie a embryologie. Z Bochdalkových anatomických prací jsou významné studie o trojklanném nervu, o bránici (Bochdalkova hernie), o nervech rohovky, o sluchovém ústrojí hluchoněmých a návod k pitvě mozku. V letech 1834-37 zastupoval na anatomii profesora Ilga. Anatomický ústav vedl od roku 1845 do roku 1872.

Josef Hyrtl vedl katedru anatomie od roku 1837 do r. 1845. Pocházel z Isenstadtu v Maďarsku. Studoval lékařství ve Vídni. Od roku 1841 přednášel kromě anatomie i fysiologii. Byl vynikajícím přednášejícím. Napsal řadu prací ze srovnávací fysiologie i deskriptivní anatomie. Jeho učebnice anatomie vyšla ve 22 vydáních. Značně rozšířil muzeum a v jeho době byly anatomické sbírky v Praze po pařížských nejznámnější v Evropě. Byl členem mnoha vědeckých společností a nositelem mnoha řádů.

Václav Steffal - narozen 1841 v Rodinově u Jindřichova Hradce. Studoval v Praze a doktorátu dosáhl v roce 1868. Téhož roku byl jmenován prvním asistentem prof. Bochdalka. V letech 1871- 1872 byl nástupcem prof. Bochdalka. V letech 1872 -83 pracoval jako okresní lékař v Praze. V roce 1883 byl jmenován mimořádným profesorem anatomie a v roce 1877 řádným profesorem pražské lékařské fakulty.

Byl od roku 1883 prvním přednostou obnoveného českého anatomického ústavu. Vedl ústav do roku 1894. Mezi studenty byl velmi oblíben. Publikoval práce teratologické, osteologické, z patologické anatomie a hygieny.

V letech 1873-75 vedl anatomický ústav prof. J. W. Henke (1834-1896). Studoval na lékařské fakultě v Marburgu a v Goettingenu. Po pobytu na anatomických ústavech v Utrechtu a v marburgu byl řádným profesorem a ředitelem anatomického ústavu v Rostocku. V Praze působil krátce. V roce 1875 odešel do Tuebingenu, kde působil i jako rektor univerzity. Byl orientován výhradně na topografickou anatomii. Za svého působení v Praze patřil na lékařské fakultě k radiokálním stoupencům německé strany.

Carl Toldt (1840-1920), působil především ve Vídni. V letech 1876 - 1884 byl v Praze přednostou anatomického ústavu. Za jeho působení byla budova anatomie dostavěna a zařízena (v této budově sídlí anatomie i dnes). Dnešním studentům je Toldt znám jako autor anatomického atlasu.

Budova anatomického ústavu byla postavena v letech 1874-77. Do té doby sloužilo výuce anatomie pouze několik místností v Karolinu. V novém ústavu přednesl prvou přednášku dne 15. 10. 1877 profesor Toldt. Ústav měl tehdy malou a velkou posluchárnu, dvě pitevny s 10 pitevními stoly, studijní sál a pět místností musea lidské a srovnávací anatomie a embryologie. Další sál sloužil výuce histologie, která byla tehdy s anatomií spojena. K vybavení patřil i zvěřinec pro chov experimentálních zvířat.

Museum se postupně rozrůstalo, základy tvořily sbírky, které shromáždil prof. Ilg. Sbírky knihovny založil v roce 1839 prof. Hyrtl. Knihovna byla zprvu orientována zejména na německou literaturu.

V roce 1880 byl v budově anatomie zřízen samostatný anatomický ústav.Po rozdělení univerzity připadl ústav německé lékařské fakultě. Budova v roce 1923 již prostorově nevyhovovala a bylo proto přistavěno druhé patro.

Německý ústav zde sídlil do roku 1945.